Alex de leeuw, Gloria het nijlpaard, Melman de giraffe en Marty de zebra willen dolgraag terug naar huis, de dierentuin in New York. Met een oud vliegtuig dat gerepareerd is door de pinguins gaan ze op pad. Helemaal luchtwaardig is het vliegtuig niet en ze maken een noodlanding in een wildreservaat in Afrika. Hier komen de dieren – die in de dierentuin zijn opgegroeid – voor het eerst hun soortgenoten in het wild tegen.