Het verhaal van Muis van Huis speelt zich voornamelijk af onder de straten van Londen. Roddy is een verwende stadsmuis die in een duur appartement in Kensington woont. Op een dag wordt Roddy door het toilet gespoeld en komt hij terecht in het riool. In de riolen ontmoet hij de muis Rita. Samen moeten ze zien te overleven in stroomversnellingen en draaikolken en moeten ze het opnemen tegen een gemene pad.