Kubo is een vriendelijke jongen voor zijn moeder zorgt. Hij leidt een rustig leven in een dorpje aan de kust, waar hij allerlei fantastische verhalen vertelt aan de inwoners. Als hij per abuis een geest oproept beginnen de problemen.
Op de vlucht voor de goden en de monsters begint Kubo aan een spannende reis. Met zijn shamisen – een magisch muziekinstrument – en de hulp van Monkey en Beetle moet hij de strijd aangaan met twee boosaardige tweelingzussen en de machtige, wraakzuchtige Moon King.
In Nederland is Kubo en het Magische Zwaard vanaf 24 augustus 2016 in de bioscoop te zien.